Integrated Genome Browser
| Versão |
9 |
| Plataformas | |
| Licença | Open Source |
| Categoria | Scientific |
| More
Info
(visite o site do editor)
|
Visão geral do software
Funções principais
- Suporta vários formatos de genoma, como GenBank e FASTA
- Interaja com dados com animações de zoom e panning
- Acesse e carregue genomas de sites do QuickLoad
- Transforme dados em várias formas gráficas
- Compartilhe dados com colaboradores por meio do Dropbox
- Instalar plug-ins para funcionalidade adicional
O Integrated Genome Browser (IGB) é um programa de código aberto usado para visualizar e explorar grandes conjuntos de dados genômicos. Você pode visualizar vários formatos de dados, interagir com seus dados, criar gráficos, salvar suas informações como imagens e compartilhar seus dados com os colaboradores.
O IGB permite exibir dados de anotações e sequências alinhadas. O programa suporta uma variedade de formatos como FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Você pode pegar dados e transformá-los em uma variedade de formas gráficas, incluindo gráficos de incompatibilidade para destacar diferenças de dados e gráficos de profundidade para mostrar a cobertura. Você também pode interagir com seus dados através das animações de zoom e panning do IGB.
O IGB permite acessar e carregar genomas de sites QuickLoad, que são sistemas simples de diretórios, sequências e outros arquivos de dados para fins de visualização. O IGB fornece funcionalidade avançada com suporte a plug-ins para adicionar funcionalidade e automação de fluxo de trabalho por meio do uso de scripts. O IGB também oferece recursos avançados para compartilhar seus dados, seja publicando-os como uma imagem JPEG, PNG ou SVG de alta qualidade ou armazenando dados no Dropbox para fornecer aos seus colaboradores acesso ao seu projeto.
O IGB é usado principalmente por pesquisadores universitários, biólogos e bioinformáticos. Ele fornece ferramentas avançadas para abrir uma variedade de formatos de dados do genoma, visualizar dados como gráficos diferentes e compartilhar dados com os colaboradores. Infelizmente, o programa depende de subsídios para desenvolvimento contínuo, o que significa que o suporte para o aplicativo pode ser interrompido a qualquer momento. No entanto, o Integrated Genome Browser ainda é um programa capaz e personalizável para usuários que desejam explorar e analisar seus dados genômicos.
Atualizado em: 29 de junho de 2016
▶ Extensão de arquivo principal
▶ Outras extensões de arquivo usadas pelo Integrated Genome Browser 9
| Tipos de arquivos suportados | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .GB | GenBank Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| Formatos de arquivo relacionados adicionais |
|---|